ДП «НТЦ «АгроСЕПРО» НААН» розпочало свою діяльність 20 липня 1999 року. Підприємство було створене на базі частини майнового комплексу Національного наукового центру «Інститут механізації та електрифікації сільського господарства» Національної академії аграрних наук України (далі - ННЦ «ІМЕСГ» НААН).
Першим керівником підприємства був член-кореспондент УААН, директор ННЦ «ІМЕСГ» НААН Іван Павлович Масло.
Завдяки його старанням ДП «НТЦ «АгроСЕПРО» НААН» стало флагманом в питаннях сертифікації сільськогосподарської техніки.
Працівники підприємства крім роботи в ДП «НТЦ «АгроСЕПРО» НААН» активно задіяні в проведенні науково-дослідних робіт ННЦ «ІМЕСГ» НААН.